Juninho foi revelado nas categorias de base do Sport, onde chegou aos 16 anos e fez sua estreia na equipe principal em 11 de novembro de 1993. No clube, fez parte da “geração de ouro” e consagrou-se como ídolo da torcida, sendo peça importante nas conquistas do campeonato estadual e da Copa do Nordeste, ambos em 1994. Foi também no Leão da Ilha que Juninho mostrou ser um excelente cobrador de faltas, algo que, depois, viraria marca registrada em sua carreira.
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